Im ersten Drittel des 18. Jahrhunderts wurde die Ausdehnung der Friedrichstadt festgelegt. Neue Straßen wurden angelegt und so entstand an der Ecke der Krausen Straße und der im Bogen verlaufenden Mauerstraße ein Platz, auf dem 1735 die Böhmische- oder Bethlehemskirche gebaut.
Sie diente für die bömischen Flüchtlinge, die von Friedrich Wilhelm I. in der Friedrichstadt angesiedelt wurden. Der Name Bethlehemskirche stammt wohl in Anlehnung an die Prager Bethlehemskapelle. Wie auch die Dreifaltigkeitskirche hatte das Gebäude einen runden Grundriss mit einer großen Kuppel. Zusätzlich besaß die Bethlehemskirche ein vorgerücktes Portal.Die Bethlehemskirche war ein Zeichen für die unter den preussischen Königen gepflegte Toleranz gegenüber anderen Konfessionsrichtungen.
An der Kirche war unter anderem der Prediger Johann Evangelista Gossner (1773-1858) tätig, der das erste evangelische Krankenhaus in Berlin gründete und einen Missionsverein initiierte (Gossner Mission).
1829 fand zum letzten Mal ein Gottesdienst in tschechischer Sprache statt. 1943 wurde die Friedrichstadt von schweren Bomenaangriffen getroffen, welche die Bethlehemskirche zerstörten. Eine Glocke wurden nach Bömisch Rixdorf (heute: Berlin-Neukölln) gebracht und heute von der Evangelisch-Reformierten Bethlehemsgemeinde genutzt. 1963 wurden die Überreste der Kirche durch die DDR- Behörden abgerissen.
An das Gebäude erinnert heute ein gepflasterter Umriss und eine Informationstafel über die Geschichte der Kirche.