Um 1755 erhielt die Französische Kirche in der Friedrichstadt ihre erste Orgel. Sie wurde von dem Berliner Orgelbauer Leopold Christian Schmaltz auf der südlichen Emporenseite errichtet. Im Jahre 1905 wurde die Kirche umgebaut. In diesem Zusammenhang wurde im Jahr darauf von der Berliner Orgelbauanstalt Gebrüder Dinse auf der Ostempore eine neue, größere Orgel erbaut. Diese fiel mit der ganzen Kirche 1944 einem Bombenangriff zum Opfer.

Durch die zentrale Anordnung von Kanzel und einfachem Abendmahlstisch mit Bibel wird im Innenraum das reformierte Gottesdienstverständnis betont. In der Kirche sind weder Kreuz noch Bilder zu finden. Das Zweite Gebot „Du sollst Dir kein Bildnis machen“ ist hier umgesetzt. Die Gemeinde soll sich so auf die Auslegung des Wortes konzentrieren.

Seit 1685 siedelten sich in der Friedrichstadt Tausende von Hugenotten an. In Frankreich war ihr Glaube durch das Edikt von Fontainebleau von König Ludwig XIV. 1685 offiziell verboten und ihre Kirchen zerstört worden. Ludwig XIV. hatte den Hugenotten außerdem ausdrücklich die Flucht untersagt. Dennoch flohen etwa 200.000 reformierte Christen um ihres Glaubens willen aus Frankreich. Unter den europäischen Ländern, in denen sie Aufnahme fanden, war auch die Mark Brandenburg.

Im Anbau der Kirche dem so genannten Französischen Dom befindet sich das Hugenottenmuseum.
Es bietet einen Überblick über die Geschichte der Hugenotten in Frankreich und in Berlin sowie deren kirchliche, soziale, wirtschaftliche und wissenschaftliche „Erfolgsgeschichte“.

Der Baumeister Francois de Repey orientierte sich an der zerstörten Hugenottenkirche in Charanton.
Architektonisch war der Kirchensaal (links) ein schmuckloser, rechteckiger Raum mit seitlichen Emporen und Nischen an den Schmalseiten.
Nach der Zerstörung im Zweiten Weltkrieg orientierte man sich beim Wiederaufbau 1977 am neubarocken Bau von 1905. Durch eine Zwischendecke entstand eine Unterkirche mit verschiedenen Räumen. Eine Freitreppe an der Westseite führt jetzt zu dem darüber liegenden Gottesdienstraum.