Der Aufbau des Staatswesen in der Mitte des 17. Jahrhunderts führte auch zur Schaffung eines stehenden Heeres. Für die Soldaten war die Entwicklung einer unabhängigen Kirchengemeinde nötig. Aus diesem Grund wurde 1701-03 die Garnisonkirche durch König Friedrich I. gebaut.
Aber schon nach knapp 20 Jahren wurde die Kirche durch die Explosion des nahegelegenen Pulverturms erheblich zerstört. Bei dem Unglück wurden 72 Menschen getötet, davon viele Kinder der stationierten Soldaten.
Die Kirche wurde rasch wieder aufgebaut und im Inneren reich ausgeschmückt. In ihrer Gruft wurden zahlreiche hohe preußische Militärs beigesetzt.
1908 brannte die Kirche aufgrund eines technischen Defekts komplett aus und zahlreiche Kunstwerke gingen verloren. Kaiser Wilhelm II. ordnete sofort den Wiederaufbau an und nur ein Jahr später konnte die neue Kirche eingeweiht werden.
Das Ende des Kaiserreichs führte auch zu einer unklaren Rechtslage der Garnisonkirche, sie wurde aber in der Folgezeit immer wieder von unterschiedlichen militärischen Einrichtungen genutzt. Während des Zweiten Weltkriegs wurde am 23. November 1943 die Kirche von Bomben getroffen und brannte komplett aus.
Nach dem Krieg standen noch immer die Trümmer des Gebäudes und wiederholt wurde die Gruft geplündert. Deshalb entscheid man sich 1962 die Ruine endgültig abzureißen. Die in der Gruft beigesetzten Überreste wurden auf den Südwestkirchhof Stahnsdorf umgebettet.

An der Garnisonkirche waren u.a. der Volksschriftsteller Emil Frommel und Ludwig Schneller, ein Sohn des Missionars Johann Ludwig Schneller als Pfarrer tätig.