1484 wurde die 'Capelle Hierusalem' erstmals urkundliche erwähnt. Das Gebäude wurde durch die Jahrhunderte mehrmals umgebaut. Größere Maßnahmen fanden von 1725-31 statt, indem das kleine Gebäude größtenteils beseitigt und durch ein größeres ersetzt wurde. Zusätzlich wurde ein 72m hoher Turm errichtet.
1838 fand ein Ausbau durch Karl Friedrich Schinkel.
Die Kirche war bis zum Zweiten Weltkrieg die älteste Kirche der Friedrichstadt. Am 3. Februar 1945 zerstörte ein Luftangriff das Gebäude. Die letzten Ruinen wurden 1961 gesprengt.