1912 wurde das „Gemeindezentrum St. Johannes" eingeweiht. Der moderne Kirchenbau der damaligen Zeit gruppierte Kirche, Gemeindehaus und Pfarrhaus um einen Turm herum zu einem Gesamtensemble. Pastor Anz betonte bei der Einweihung, dass die evangelische Kirche Mittelpunkt des Lebens der Gemeinde sein soll. Das Zentrum der Gemeinde ist nicht nur Gottesdienst, sondern um ihn herum gehören alle anderen Lebensäußerungen der Gemeinde zu ihrem Leben dazu.

Der Kirchenraum weist die klassische Form einer einschiffigen Dorfkirche auf. An die rechteckige Grundform schließt sich eine Apsis im Westen an. Durch die Empore auf der Südseite entsteht ein ein Seitenschiff, trotzdem erweckt der Raum den Eindruck eines Predigtsaals.
1957 gestaltete Architekt Günter Behrmann den Innenraum der Kirche neu. Vorherrschend waren nun klare und schlichte Formen.
1998/9 kam es zu einer erneuten Renovierung. Dabei wurden alte Elemente wiederhergestellt, insbesondere betrifft das die Seligpreisungen an der Emporenbrüstung.

Bei der Renovierung der Kirche 1957 wurden neue Fenster eingesetzt, die vom Künstler Erich-Otto Köpke entworfen wurden.
Die Fenster zeigen biblische Motive, hier zwei Reiter der Apokalypse, den personifizierten Hunger und Tod.
(Offenbarung des Johannes 6,5-8)

Die Glocke wurde von der Mutterkirche, der Pauluskirche in Zehlendorf, gespendet und stammt aus dem 13. Jahrhunder. Sie ist die älteste Kirchenglocke Berlins und diente bis 1987 als Vaterunser-Glocke. Heute steht sie im Mahnmalsraum.
Innerhalb des oberen Frieses sind 24 Wappenfiguren (Menschen- und Tiergestalten) abgebildet.

1957 wurde eine Gedenktafel im Vorraum der Kirche gegen ein Mahnmal ausgetauscht. Der Text stammt von Hellmuth Linke, der von 1949 bis 1974 Pfarrer in der Gemeinde war.

Von 1974 bis 1979 war der Theologe und Politiker Heinrich Albertz Pfarrer an der Johanneskirchengemeinde. Nach ihm ist der Platz vor der Kirche benannt.