Die Gertraudenstraße führte im Mittelalter von der Stadt Cölln über die Spree zum 1405/1411 gebauten Gertrauden-Hospital vor dem Teltower Tor. Dort wurden mittellose kranke Bürger der Stadt gepflegt. Zum Hospital gehörte auch eine Kapelle, aus der die spätere Gertrauden-Kirche bzw. Spittelkirche (Spittel = Spital) hervorging.
Friedrich Wilhelm I. ließ die im barocken Stil 1739 umbauen und errichtete einen Marktplatz (Spittelmarkt).
Später sorgte Karl Friedrich Schinkel wieder für ein mittelalterliches Aussehen des Kirchenbaus.
Nach der Verlegung des Hospitals 1872 nach Kreuzberg wurde die Kirche 1881 abgerissen, um Pferdebahnschienen zu verlegen.
Das Inventar der Kirche wurde dem neuen Hospital übergeben, der Altar befindet sich heute in Lübars.