Am Eingang der Marienkirche befindet sich ein steinernes Kreuz. Es erinnert an die Ermordung des Propstes Nikolaus von Bernau durch Berliner Bürger im Jahr 1324.
Grund war ein Konflikt zwischen Papst und Kaiser, in den der einheimische Adel hineingezogen wurde. Der Propst trat auf Seiten des Papstes gegen den Wittelsbacher Kaiser Ludwig IV. auf und wurde durch eine aufgebrauchte Menschenmenge erschlagen und auf einem Scheiterhaufen verbrannt.

Das Totentanz-Gemälde aus dem späten Mittelalter zeigt 14 Vertreter der geistlichen und weltlichen Stände. Jeder bildet zusammen mit einer Todesgestalt ein Paar. Unter der Darstellung findet sich ein Text, der den Menschen ihre Sünden vorhält und diese feilschen wiederrum mit dem Tod um ihr Schicksal.

Die Totentanzdarstellung stellt das am vollständigsten erhaltene vorreformatorische Kunstwerk dieser Art in Europa dar. Der etwa 22 Meter lange Wandfries ist durch die Jahrhunderte und durch Übermalungen stark verblasst. Die Rekonstruktion zeigt die Anordnung in geistliche und weltliche Stände, die durch die Kreuzigungsszene Christi getrennt werden. Vermutlich ist das Gemälde unter dem Eindruck der Pest entstanden, die in der Stadt zahlreiche Todesopfer aus allen Ständen forderte.

Anfang 1700 wurde die Kirche im barocken Stil umgestaltet. Dazu gehört besonders die aus Alabaster gefertigte Kanzel von Andreas Schlüter (1703). Den Auftrag dazu gab eine Berliner Bürgerin.
Vier Säulen ersetzen den Stützpfeiler und halten die Kanzel. Vom Bildprogramm der Figuren scheint es, als würden zwei Engel den Kanzelkorb tragen. Die reichen Verzierungen und Reliefs zeigen u.a. Johannes den Täufer und Allegorien der Tugenden.
Ursprünglich befand sich die Kanzel weiter in der Mitte des Kirchenschiffs.

Die Orgel der Marienkirche stammt von Joachim Wagner (1690–1749). Sein Meisterstück vollendete er 1723 mit dieser Orgel in der Berliner Marienkirche die 3 Manuale und 40 Register besaß.
Das Prospekt wurde von dem Bildhauer Johann Georg Glume 1720/23 angefertigt.

1762 wurde der barocke Altar von Andreas Krüger entworfen. Die drei Bilder stammen von Christian Bernhard Rode. In der Mitte ist 'Die Abnahme vom Kreuz' zu sehen. Links wird 'Jesus auf dem Ölberg' und rechts 'Der ungläubige Thomas' gezeigt.

Das dreischiffige Langhaus umfaßt sechs Säulenjoche mit achteckigen Pfeilern. Sie werden von quadratischen Kreuzrippengewölben überspannt, in den Seitenschiffen sind diese rechteckig.
Der Chor überragt das Mittelschiff und schließt nach einem Joch mit einem Polygon aus sieben Seiten eines Zwölfecks.

Das Lutherdenkmal stand ursprünglich auf dem Neuen Markt und wurde von den Bildhauern Paul Otto und Robert Toberentz entworfen.
Luther war umgeben von Philipp Melanchthon, Johannes Bugenhagen, Georg Spalatin, Caspar Cruciger, Johannes Reuchlin, Justus Jonas, Franz von Sickingen und Ulrich von Hutten. Diese Statuen wurden allerdings im Zweiten Weltkrieg eingeschmolzen. Das Luther-Standbild steht heute an der Nordseite der Marienkirche.

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Das Totentanzfresko in der Turmhalle der Marienkirche ist eines der bedeutendsten mittelalterlichen Kunstwerke Berlins. Geistliche und weltliche Ständevertreter werden in einem Reigen auf dem 22 Meter langen und zwei Meter hohen Wandbild gezeigt. Sie befinden sich in einem Schreittanz mit jeweils einer Todesgestalt. Eines der Hauptmotive der Totentänze ist die Mahnung, dass Jeder – egal welchen Standes – irgendwann vom Tod heimgesucht wird und deshalb sein Leben und Sterben bedenken solle. In der Marienkirche wird dem Schreckensbild von Tod und ewiger Verdammnis jedoch die Hoffnung auf Erlösung entgegengesetzt.

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