Am 21. März 2010 wurde die Nikolaikirche nach zweijährigen Restaurationsarbeiten wiedereröffnet. Das älteste Gebäude Berlins wurde seit 1939 bis zur Zerstörung im 2. Weltkrieg nicht mehr als Kirche genutzt.
Heute gehört das Museum Nikolaikirche zur Stiftung Stadtmuseum Berlin und ist ein Ausstellungsort für die 800jährige Stadtgeschichte, besonders mit Blick auf die Religionsgeschichte und die sakrale Kunst.
Das Museum zeigt nicht nur Ausstellungsstücke aus der St.-Nikolaikirche und der Stadtgeschichte, sondern lädt auch den Besucher oder die Besucherin dazu ein, sich mit heutigen Fragen individuellen Glaubens zu beschäftigen.
In einem kleinen Ausstellungsteil geben Menschen aus Berlin Einblick in ihren ganz persönlichen Glauben.
Die Kirche war die vornehmste Begräbniskirche des Berliner Bürgertums. Zahlreiche Epitaphien zeugen von dieser Tradition und geben einen Einblick in die Kunst der verschiedenen Jahrhunderte und Epochen.
Ein Epitaph erinnert an den Verstorbenen und kennzeichnet, im Gegensatz zum Grabstein, nicht unbedingt den tatsächlichen Bestattungsort.
Hier: Epitaph für Gottfried Heinzelmann, Sohn des Diakons Johann Heinzelmann (19.12.1656 - 1.6.1658)
Die Kirche hatte zwei große Kapellen, die Liebfrauenkapelle an der Südwestecke und die Heiligkreuz-Doppelkapelle an der Nordseite. Sowie weitere kleiner Kapellen.
Nach der Reformation wurden die Altäre entfernt und dort sowie in den Seitennischen Erbbegräbnisse eingerichtet.
Immer wieder wurde die Kirche umgebaut. Das um 1470 vollendete Hallenlanghaus und die neugotische Orgelempore im Westen prägt das heutige Erscheinungsbild. Zusätzlich entstand das Kreuzrippengewölbe.
Die farbige Raumfassung wurde nach alten Funden wieder rekonstruiert.
Das Triumphkreuz wurde 1485 hergestellt und stammt aus der Marienkirche. Seit 1896 ist das ursprüngliche Kreuz im Märkischen Museum.
Es ist sehr plastisch gestaltet, die Haare sind aus Pferdehaaren und ursprünglich hing eine Zunge weit aus dem Mund. Die Ecken des Kreuzes hatten die Symbole der vier Evangelisten. Löwe (Markus) und Engel (Matthäus) sind nicht mehr vorhanden, Adler (Johannes) und Stier (Lukas) sind noch zu sehen. 1896 kam das Kreuz ins Märkische Museum.
Zum 350. Todestag von Johann Crüger erinnert das Stadtmuseum Berlin an einen Mann, dessen Wirken Berlin erstmals den Rang einer europäischen Musikstadt verlieh.