Während der Weimarer Republik bemühte sich die Evangelische Kirche um eine neutrale Stellung in Bezug auf die verschiedenen politischen Parteien. Mit Erstarken des Nationalsozialismus veränderte sich diese Haltung im Prinzip nicht, allerdings gab es innerhalb der Pfarrerschaft ein breites Spektrum von Anhängern bis hin zur entschiedenen Gegnerschaft. 1932 gründete sich die Kirchenpartei 'Deutsche Christen', die sich eng mit dem nationalsozialistischen Gedankengut verbunden sah.

Die 'Deutschen Christen' sorgten schließlich 1933 für die Einführung des Arierparagrafen in die Evangelischen Kirche der altpreußischen Union. Dies bedeutete, dass alle 'nichtarischen' Geistliche oder Kirchenbeamte und deren Ehepartner entlassen werden sollten. Als Reaktion darauf schlossen sich eine Reihe Pfarrer zum Pfarrer Notbund zusammen, in dem Martin Niemöller und Dietrich Bonhoeffer eine bedeutende Rolle zukam. Die Einflussnahme staatlicher Seite auf die Berufung zum kirchlichen Lehramt betrachtete man als unzulässige Einmischung in das Kirchliche Bekenntnis. An einer grundsätzlichen Staatstreue ließ der Pfarrernotbund allerdings keinen Zweifel und suchte auch den Kompromiss mit den Deutschen Christen.

Mit Zunahme der staatlichen Repressionen gegen Kirche und Pfarrer sowie den Ausschluß getaufter Juden verstärkte sich der Widerstand innerhalb der Kirche. Vom 29. bis zum 31. Mai 1934 trat in Wuppertal-Barmen die erste Bekenntnissynode zusammen, aus der die Bekennende Kirche hervorging. Die formulierte Barmer Theologische Erklärung richtete sich gegen die Verfälschung christlicher Lehre und bildete die theologische Grundlage.

Eine zweite Synode fand am 19. und 20. Oktober 1934 in Berlin-Dahlem statt. Hier wurde das kirchliche Notrecht ausgerufen und eine vorläufige Kirchenleitung eingesetzt. Dies führte dazu, dass sich neben den Deutschen Christen ein zweites Leitungsgremium etablierte. Hinzu kam noch eine große Gruppe von Amtsinhabern, die sich versuchten aus dem Kirchenkampf herauszuhalten, so dass es bis zu drei unterschiedliche Leitungsinstanzen gleichzeitig in den Landeskirchen gab.
Gleichzeitig misslang der Versuch der Nationalsozialisten eine evangelische Reichskirche und der Leitung von Reichsbischof Ludwig Müller zu schaffen. Vielmehr setzt die Staatsführung nunmehr auf eine Trennung von der Kirche und zunehmende Entkonfessionalisierung der Bevölkerung.

Seit 1936 (4. Bekenntnissynode in Bad Oeynhausen) zerfiel die Bekennende Kirche zunehmend in zwei Lager. Auf der einen Seite standen die 'Dahlemiten', die sich auf die Zweite Synode in Dahlem beriefen. Auf der anderen Seite der 'Lutherrat' aus den Führungsorganen der Landeskirchen, die eine Kooperation mit staatlichen Stellen befürworteten.
Immer stärker wurden die Konflikte in Hinblick auf die Frage einer Treueidleistung der Pfarrer auf Hitler oder der Entwurf einer Gebetsliturgie für den Frieden angesichts der zunehmenden Kriegsgefahr 1938. Die Pogromnacht am 9. November 1938 gegen jüdische Einrichtungen wurde dann von Seiten der Kirchenleitungen auch nicht kommentiert und nur von wenigen Einzelpersonen verurteilt.
Berliner Pfarrer der Bekennenden Kirche sorgten beispielsweise mit der Einrichtung des 'Büro Grüber' (nach Pfarrer Heinrich Grüber) für Unterstützung und Ausreise von jüdischen Bürgern.

In der Folge kam es zu immer stärkerem Vorgehen gegen Mitglieder der Bekennenden Kirche. Trotz der Ermordung von Kranken und Behinderten sowie dem Völkermord an Juden und der Verfolgung und Ermordung der Sinti und Roma, Zeugen Jehovas, Homosexueller u.a. fanden sich allerdings nur wenige Mitglieder zum Protest bereit. Obwohl es gelegentlich Eingaben und Protestschreiben an staatliche Stellen gab, blieb ein breiter kirchlicher Widerstand aus.

Einige Vertreter der Bekennenden Kirche beteiligten sich am politischen Widerstand gegen den Nationalsozialismus, so z.B. Dietrich Bonhoeffer.
Nach dem Zweiten Weltkrieg brachte der Bruderrat der Evangelischen Kirche Deutschland eine 'Märtyrerbuch' heraus, welches Mitglieder der Bekennenden Kirche aufgelistete, die in Konzentrationslagern ermordet wurden. Dazu gehören u.a. Paul Schneider, der Prediger von Buchenwald, und Friedrich Justus Perels, ein Freund Bonhoeffers und Rechtsberater der Bekennenden Kirche.

Vertreter der Bekennenden Kirchen waren es dann auch, die sich in der Nachkriegszeit an die Neuformierung der Evangelischen Kirche Deutschlands machten. Dazu gehörte zunächst die Formulierung der Stuttgarter Schulderklärung (19. Oktober 1945), in der die Mitschuld der Kirche während des Nationalsozialismus erklärt wurde. Der Schulderklärung gingen öffentliche Erklärungen einzelner Pastoren voraus bzw. folgten ihr.
Die Barmer Theologische Erklärung wurde zudem von vielen Landeskirchen als Bekenntnisschrift aufgenommen. Bis heute dauert aber die Aufarbeitung der Rolle der Kirchen und einzelner Mitglieder während des Nationalsozialismus an.