Am 13. Januar 1505 als ältester Sohn des Kurfürsten Joachim I. erblickt Joachim II. das Licht der Welt. Nach dem Tod des Vaters wurde die Mark Brandenburg zwischen ihm und seinem jüngeren Bruder Johann aufgeteilt. Die Kurfürstenwürde erhielt jedoch traditionsgemäß Joachim II.
Als er 1535 sein Amt antrat, waren die deutschen Länder durch die Reformation in Unruhe versetzt. Sein Vater hatte sich beharrlich gegen reformatorische Gedanken in Brandenburg gewehrt und seinen Verwandten das Studium an der 'Ketzeruniversität' Wittenberg verboten. Seine Mutter Elisabeth von Dänemark dagegen stand der Reformation aufgeschlossen gegenüber und floh schließlich 1528 nach Sachsen. Joachim II. sorgte schließlich für die Einführung der Reformation in Brandenburg, indem er am 1. November 1539 in der Spandauer St.-Nikolaus-Kirche das Abendmahl in beiderlei Gestalt (Brot und Wein) feierte. Bei der Einführung einer reformatorischen Kirchenordnung arbeitete der Kurfürst eng mit Philipp Melanchthon, dem Schüler und Vertraute Luthers, zusammen. So unterschrieb er 1558 den Frankfurter Rezess, eine vermittelnde Erklärung der lutherischen Landesfürsten.
Außerdem widmete sich Joachim II. einer ausgedehnten Bautätigkeit. Das Köpenicker Schloss wurde neu aufgebaut und das Schloss Grunewald nach Plänen von Caspar Theiss erbaut. Der Weg dorthin wurde als ein befestigter Damm unter dem Namen Kurfürsten Damm bekannt.

Aus der Ehe mit Magdalena von Sachsen gingen 6 Kinder hervor und aus der Ehe mit Hedwig von Polen 4 Kinder. Nachfolger wurde der älteste Sohn Johann Georg von Brandenburg, der schließlich das geteilte Land wieder zusammenführte.